海域使用权人的义务主要包括：(1)支付海域使用金等费用的义务。(2)按照海域功能区划和约定使用海域的义务。(3)容忍义务，即海域使用权人对不妨碍其依法使用海域的非排他性用海活动，不得阻挠。(4)及时通知义务，即海域使用权人发现所使用的海域的自然条件发生重大变化，应当及时报告海洋行政主管部门。(5)其他义务。如海域使用权人未经批准不得从事海洋基础测绘；海域使用权终止后，应拆除可能造成海洋环境污染或影响其他用海项目的设施和构筑物。
二、海域使用权的权利体系
海域使用权作为一种新型的重要的民事权利，其体系化的形成需要将其按照不同的标准进行区分，具体而言，主要有以下分类：
一)有偿使用的海域使用权和无偿使用的海域使用权
根据海域使用权的使用是否需要交付对价，可以将其分为有偿使用的海域使用权和无偿使用的海域使用权。为了保证海域这一自然资源的合理使用、建立其经济补偿机制、实现国有海域资源性资产的保值增值和避免对海域的过度无序利用，国家对海域实行有偿使用制度，即单位和个人使用海域，应当按照国务院的规定缴纳海域使用金，且海域使用金应当按照国务院的规定上缴财政。然而，海域有偿使用制度并不排除在特殊情况下对海域的无偿使用，国家从有利于海洋上防卫、管理和公益事业的发展全局出发，规定有些海域使用权的取得是无偿的，如1.军事用海；2.公务船舶专用码头用海；3.非经营性的航道、锚地等交通基础设施用海；4、教学、科研、防灾预灾、海难搜救打捞等非经营性公益事业用海。
二)原始取得的海域使用权和继受取得的海域使用权
根据海域使用权取得的方式，可以将其分为原始取得的海域使用权和继受取得的海域使用权。前者是指使用权人直接从国家取得的海域使用权，其方式有二，即申请审批取得和因法律行为取得(如招标和拍卖)。后者是指因企业合并、分立或者与他人合资、合作经营或者依法转让、继承等情形而取得海域使用权。继受取得的海域使用权不是来源于国家，而是来自于其他民事法律主体。
三)海洋工程海域使用权、养殖海域使用权、港口海域使用权、海洋油气勘探开采海域使用权、海底电缆管道海域使用权等
根据海域使用功能的不同可以将海域使用权分为海洋工程海域使用权、养殖海域使用权、港口海域使用权、海洋油气勘探开采海域使用权、海底电缆管道海域使用权等情形。
此外，还可以根据海域性质的不同将其分为内水海域使用权和领海海域使用权。


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