按照我国同其他田家缔结的避免双重征税协定、互免海运企业国际运输收入协定、海运协议以及英他有关协议或换文，外国公司可以享受减税或免税待遇的，须自行或委托其扣缴义务人分别向当地主管国家税务局填报(外国公司船船运输收入免征企业所得税证明表)，向当地主管地方税务局填报(外国公司船舶运输收人免征营业税证朗表)，并提供其他有关证明文件。末申增免税或不能提供有关证明文件的，不得享受免税待遇。外国公司不能及时提交免税证明的，应先按规定交税，待取得免税证明后再办理退税。
扣缴义务人在国际贸易出口项下向外国公司支付运费时，应向外汇指定银行提交完税凭证或免税证明。不能按要求提供完税凭证或免税证明的，不得对外付汇。根据《税牧征收管理法》的规定，扣缴义务人应扣末扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣末扣、应收来收税款50%以上三倍以下的罚款。
无船承运人税收管理
根据《国际梅运条例》及有关规定，中国企业法人和境外国际船船运输公司在中国境内从事无船承远业务，应向交通部提出申请并提交有关申谓材料，取得《无船承运业务经营资格登记证》。《国家税务总局关于从事国际海运无船承运业务使用发票有关问题的通知》(国税函[2002]404号)规定，在中国境内注册，并依法取得交通部(无船承运业务经营资格登记证)的企业，可以向税务机关申谓办理领购、使用《国际海运业运输专用发票》事宜、领购、使用《国际海运业运输专用发票》。
对于从事无船承运业务取得的收入是按营业税交通运输业税目(税率为3％)交税还是按营业税服务业锦目(税率为5%)交税的问题，一时成为人们争论的焦点。


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