进口货物的特许权使用费是需要缴纳关税及进口附加税的，根据海关总署2019年第58号公告（关于特许权使用费申报纳税手续有关问题的公告）对存在需要向卖方或相关方直接或间接支付与进口货物相关的应税特许权使用费，无论是否已经包含在进口货物实付，应付价格中都应在“支付特许权使用费确认”栏目中填报“是”。进口时已经支付的，已支付金额填报在杂费栏。进口后支付的，应在30日内向海关申请特许权使用费后续征税。（贸易方式：9500）
2023年1月拱北海关对珠海某科技有限公司实施稽查，发现该企业在2018年-2021年间向海关申报进口藻粉等货物，漏申报特许权使用费110万元，并且存在特殊关系申报为否，实际为是的情况。海关依照《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》第十五条之规定，对企业科处罚款人民币23万余元。
根据企业的公开情报，海关很容易就能判断买卖双方是否有特殊关系，所以瞒报特殊关系并不可取。
而特许权使用费如果没有包含在货物进口价格内，要对外付汇就要按非贸易方式付款。而海关通过企业提供的付汇数据，外汇管理局的相关数据，就能查找到相关线索，顺藤摸瓜找到企业的违规线索。
在企业中通关部门往往不知道企业存在特许权费用支付的情况，而相关部门也不知道海关对特许权使用费的相关规定，信息流通不畅导致问题产生。如何确认企业是否存在特许权使用费支付情况，企业的通关部门和财务部门可以联动，定期确认非贸易付汇的内容，财务账本上有注明每笔付汇的明细内容，如果有与特许权专利费相关的内容要主动向海关申报。


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