海关查验可以说是进口报关代理环节中审核货物真实性的一重要环节，除海关总署特准免验的之外，都应接受海关查验。海关查验货物，一般应在海关规定的时间和监管场所进行，如有理由要求海关在监管场所之外查验，应事先报经海关同意。
以经过审核的单证为依据，对货主申报的内容进行直接实际的核实和查对，除有特殊规定准予免验者外，进出境货物的运输工具均应接受海关的查验，它为打击走私违法情事及为征税、统计提供实际监管依据等方面有着重要的作用。
海关查验，一方面是要复核进口报关代理环节中所申报的单证及查证单货是否一致，通过实际的查验发现审单环节不能发现的无证进出问题及走私、违规、逃漏关税等问题;另一方面，通过查验货物才能保证关税的依率计征,因为进口报关代理税则分类号列及适用税率的确定；
进口报关代理的货价海关是否予以接受，都决定于查验的结果。如查验不实，税则分类及估价不当，不仅适用的税率可能发生差错，且估价易或高或低，因而使税负不公，国家或进口厂商将蒙受损失。
举个例子：如某市外运分公司进口报关制冷机，应归入税号8415，但该税号有8个子目，子目84158210税率为130%，子目84158220税率为90%，所附单据看不出制冷机的制冷温度和容量。通过实际查验，确定该机应归入税号84158220，按税率90%计征关税，从而避免了进口厂商负担其不应负担的关税额，体现了海关征税工作的严肃性，维护了集体的利益。
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