跨境电商企业通过电子账册进口保税商品至海关特殊监管区域，然后再根据电商平台的订单分拆出区销售。在这物流过程中，由于管理不善，物流和信息流没有一一对应，就会导致进区和出区申报数据不一致，造成进口保税跨境电商商品的实际库存少于海关电子底账数量。
保税商品入区申报后，电子底账数据增加。而网购保税进口商品零售出区申报时，主管海关审核电子商务企业申报的《中华人民共和国海关跨境电子商务零售进口商品申报清单》，电子账册底账数据进行相应核减。
而且海关根据监管需要，结合风险程度，对参与网购保税进口业务的仓储企业采取全盘、抽盘等方式进行盘库，并将电子底账核算结果与实际库存量进行对比，分别进行以下处理：
(一)实际库存量多于电子底账核算结果的，按照实际库存量调整电子底账的当期余额；
(二)实际库存量少于电子底账核算结果且企业可以提供正当理由的，对短缺的部分，责令企业参照货物办理后续补税手续。
近期成都海关和福州海关等地对跨境电子商务平台企业的电子账册开展保税核查作业，均发现企业实际库存较海关底帐短少。由于当事企业无法提供正当理由而被海关处罚并补缴税款。


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