根据如实申报的原则，应该按照实际产生边角料和残次品的数量向海关申报。对于生产中产生的残次品，折算为料件向海关申请补税，核扣手册或账册，才能保证进出口平衡。海关也是根据企业申请的数量或实际核查的数量接受企业的补税申请，所以企业要对残次品进行妥善管理，完整记录残次品产生，保存和处理的数据，这样才能保证如实申报。残次品是无法计算或预估的，一定是按照实际产生的数量申报的。
对于边角料来说，则涉及到了损耗率的概念，企业的生产过程如果有工艺损耗则在手册备案时要申报损耗率，例如注塑生产工艺中产生的水口，冲压工艺中产生的边角等。通过损耗率可以算出产生的边角料数量，单耗=净耗/（1-工艺损耗率）。损耗率也要如实申报，如果预估一个损耗率，使用平均损耗率都会出现问题。损耗率偏大，理论上产生的边角料就会比实际产生的要多。出现这种情况的时候，按实际产生的边角料补税，在报核时手册还会显示有边角料未补税。如果按理论边角料来补税，企业多交税不说，碰上海关下厂核查，还会被质疑擅自处理了保税边角料。（*同时也会造成单耗虚高，造成保税料件的在库盈余，在报核时也要向海关进行解释说明。）
除了按实际申报损耗率以外，妥善管理边角料，加快处理频度也是可取的方法，这样可以及时发现问题所在，修正手册单耗，以免在临近手册报核前才发现问题，根本没有时间挽救错误。


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