保税边角料和残次品都是保税货物，但是在定义和处理方式上有明显的区别。边角料，是指加工贸易企业从事加工复出口业务，在海关核定的单位耗料量内（以下简称单耗）、加工过程中产生的、无法再用于加工该合同项下出口制成品的数量合理的废、碎料及下脚料。
保税边角料的处理方法是“先拍卖，后补税，再处理。”三步走。首先在通过电子口岸单一窗口登录“加工贸易边角废料内销网络交易系统”提交拍卖申请，注意申请拍卖的数量应该和企业库存的边角料数量吻合。第二步，拍卖成交后，按照拍卖成交价格向所在地主管海关申请边角料补税，监管方式为“进料边角料内销”0844或“进料边角料内销”0845。补税后不扣减手册/账册的保税料件在库，但是在手册核销时会与手册/账册备案的工艺损耗计算的理论边角料在库进行比对。第三步，边角料出库销售，此时应再核对补税数量和实际销售数量是否有差异。销售数量不足则在下一批次出库补足，销售数量过大则只能按补税数量出库。
残次品，是指加工贸易企业从事加工复出口业务，在生产过程中产生的有严重缺陷或者达不到出口合同标准，无法复出口的制品（包括完成品和未完成品）。在实际生产中包括料件，半成品，完成品。处理方法是“先补税，再处理。”即使企业有集中内销资格，也应向主管海关咨询残次品内销是否属于集中内销的范畴。残次品处理毕竟不是正儿八经的内销，有些海关并不认可残次品可以集中内销，保险起见，还是先补税后处理为妥。
残次品按料件形式向海关申请补税，监管方式为“进料料件内销”0644或“来料料件内销”0245。残次品补税价格以实际进口价格为准，不能低于核销期内该料件的加权平均进口价格。补税后扣减保税料件的在库，完成补税后就可以出库处理残次品了，同样要注意确认补税数量和处理数量是否一致。
很多企业并不注重残次品的实物管理，不分类别，不分品种堆放在一起。企业自身都无法根据残次品记录确认是否有那么多的实物。如果海关下厂核查，是根本无法确认残次品的记录和实物是否相同，将会导致残次品无法顺利内销处理，甚至引申出擅自处理保税货物的案件。
残次品正确的管理方法也应该按料号为单位管理，残次品接收部门要做好记录和分类管理，与残次品记录不符合的实物要拒收，或者要求更改残次品记录。实物存放方面则应用小包装将残次品分类装箱，小包装上贴有料号和残次品记录单号，按月装箱保管，箱子外贴有残次品记录清单。根据残次品大小不同也有其他的管理方法，目的是将残次品记录和实物对应起来管理。按残次品记录补税，按残次品记录出库，就可以做到补税数量等于残次品处理数量。


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