从事加工贸易的生产企业，首先要选择的就是向海关备案加工贸易电子手册还是加工贸易电子账册。目前海关对加工贸易电子账册的申请条件是零门槛，就看企业根据自身的情况来选择备案方式。
电子手册是以往纸质合同的电子化，以加工贸易合同为单元进行管理，一家企业可以有多本电子手册，有效期一般为1年，到期前要向海关申请核销或者延期。电子账册以企业为单元进行管理，一家企业只有一本电子账册，没有有效期，但有核销周期，一般也为1年。
电子手册要同时备案进口料件，出口成品和单耗，要按生产计划备案进出口数量。电子账册的备案比较灵活，进口料件和出口成品及单耗可以分开不同时间向海关提出备案，而且不需要备案进出口数量。
无论是备案电子手册，还是电子账册，都属于海关所谓的联网监管企业。其实最初联网监管的设想是企业erp数据与海关系统联网并实现数据实时传送，经过试点推行并无法实现。现在的联网监管叫做电子监管比较恰当，即企业通过电子口岸或是报关软件向海关报送加工贸易电子手册，账册数据。所以电子账册和电子手册之间只是监管方法和备案方法有所不同，并不是说电子账册就比电子手册高级。
什么样的企业适合电子手册呢？第一，产品生产销售周期短，在一年左右的；第二，不同产品之间的通用料件没有或较少。第三，成品，料件种类都比较少。例如一家企业接到三个订单，分别是生产打印机零件，电脑零件，手机零件，而且生产计划都在1年左右，这样用电子手册比较合适。再比如企业只接不同规格型号的打印机零件订单，而这些成品之间有很多通用的料件，就算是生产计划在1年之内，也建议使用电子账册。目的是防止不同电子手册之间的串料。
什么样的企业适合电子账册呢？第一，高级认证企业。适用电子账册联网监管的高级认证企业，有可能免于盘库核查或减少盘库核查的抽查比例。这个优惠政策只有备案电子账册才能享受。第二，产品生产销售周期在一年以上；使用没有有效期限制的电子账册就不需要在新旧电子手册之间转料。第三，不同产品之间的通用料件很多；一本电子账册可以有效避免串料。第四，成品及料件种类繁杂。电子账册的备案方法更灵活，更适合备案复杂的加工贸易数据。


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