加工贸易企业要内销最好采取集中内销补税的方法，因为传统的先补税再内销的做法存在两个硬伤，第一是由于内销计划或生产计划的变动，补税的数量和实际内销数量不一致；第二是每次要办理内销补税手续，如果有紧急的内销订单或需求是无法及时对应的。
使用加工贸易电子账册的企业和特殊监管区域内的企业无需申请就有集中内销补税的资格，而使用加工贸易电子手册的企业则需要向主管海关提交《集中办理内销纳税手续情况表》，获批集中内销补税资格。
企业可以先行内销，在当月末之前向海关集中办理内销补税手续，并且不得超过手册有效期或账册核销周期。2020年7月后，由于疫情的影响，海关将集中内销补税期限放宽到按季度申报纳税不得跨年操作，企业需在每年4月15日、7月15日、10月15日、12月31日前进行申报。
每季度结束后有15个工作日让企业有充裕的时间办理内销补税手续，有内销业务的加工贸易企业平时也需要管理好内销记录，及时总结核算，在申报期限前向海关提出准确的内销申报数据。


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