高级认证内部审计既要对进出口活动进行内部审计，也要对持续符合高级认证企业标准进行审计。可以合并在一次审计活动进行，也可以分开进行，但每年至少实施一次。
要推进上述的审计活动，企业内部需要建立相应的组织。从工作职能上看应由企业的内部审计部门来负责高级认证内部审计，但是会增加了内部审计部门的工作量。而通关部门是海关高级认证的申请和推动部门，最清楚海关高级认证的要求，但不能担任进出口活动内部审计，否则就有自己审自己的尴尬了。所以由内部审计部门来负责是最合适的。但并不意味着把高级认证内审大量的工作都甩给内审部门，通关部门和其他与高级认证相关的部门要积极协助。
还有一种组织方法也是海关认可的，即企业内成立专门的高级认证内部审计组织。例如由通关部门，内审部门牵头，企业内其他与高级认证相关的部门（人事部门，安全部门，物流部门，it部门，财务部门）参加，成立专门的高级认证内部审计组织。该组织接受法人或董事长的领导，并直接向他们报告。
这种高级认证内部审计组织在组建时需要与企业各部门协调，与法人或董事长报告，制作组织图等资料，相对比较麻烦。但好处在于调动了企业内高级认证相关业务的积极性，广泛宣传高级认证的守法意识，培养更多熟悉高级认证标准的人员。企业内各部门都对本部门的高级认证相关业务和要求了如指掌。知道什么该做，什么不该做。


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