加工贸易在库误差计算的公式很简单，【进口-出口*单耗-实际在库】，等于零就是在库平衡，大于零就是在库短少，小于零就是在库盈余。不过在实际计算中就要复杂得多了。要考虑已经已经报关，尚在途中的进口料件，已经手货但尚未报关的深加工和集中申报等进口料件，已经离开厂区但未报关成品，已经送货但未报关的深加工结转料件等因素。而实际在库也要考虑，成品，半成品，还未处理的残次品等数量。
经过上述计算后，得出的结果是大于零，即保税料件短少。首先要找原因，为什么造成在库短少，如果日常注重管理，短少的量不多，金额不大，造成短少的原因主要就是由于生产计划（包括成品构成变化）较为频繁，手册/账册和实际生产不能达成同步变更而导致的，并针对其中几个重点料件进行分析举例。还有正常的盘点误差，细小零部件丢失等不可避免的客观因素。一般海关都可以接收解释，同意短少部分的料件进行内销补税。
如果平时疏于管理，短少的量就不会少，原因也分析不出来，即便列举上述的原因也无法完全解释。就会因为不明原因产生在库短少而招致海关的处罚。按程序完成处罚后，才能办理内销补税。
在库短少多少才算多，多少才算少，还真没有一个标准。按绝对值来说1万元以下的在库短少就算比较小了。按比例来说100ppm以下就算比较小，10ppm以下就算非常小了。（ppm：百万分之一）


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